私はネットショップ制作時のシステムは、カラーミーショップで作成しておりますが、先日お客様からのお問い合わせで他のシステムはどうか？というものがございましたので、書いてみたいと思います。
1. Eストアショップサーブ
このシステムは結構大手企業や、有名な会社が利用していて知名度は、カラーミーショップと同じくらいあります。歴史が長く、大手企業が導入しているので、信頼感の面では大きいのかもしれません。
しかし、制作の際の柔軟さはまったくないという欠点があります。HTML部分の編集が不可になっていますので、非常に制作が手間がかかります。（革靴の上から足を掻くようなイメージです。）
またHTMLが編集出来ないということは、検索エンジン対策を考慮して制作出来ないという欠点があります。
以上の面から考えまして、私はおすすめではないかなと思います。
なお、このシステムを使うと、作業工数が多くなりますので、お見積りが高くなりますのと、制作時間がとんでもなくかかりますため、私はこのシステムでは制作をお請けしておりませんが、ご了承のほどよろしくお願いいたします。
2. EC CUBE
オープンソースのシステムですが、こちらもHTMLの編集が一部分しか触れなくなっており、上記システムと同じような感じです。
あと、結構セキュリティ面でバグがある面があったりしまして、それが不安ですので今のところは私はEC CUBEでは制作をしておりません。
以上になりますが、カラーミーショップは、HTML、CSS（スタイルシート）も全部編集可能なようになっています。またネットショップの機能としても必要なものはすべて揃っていますので、本当によく出来ているシステムと思います。
利用者数が多い（国内でのネットショップ契約店舗数No.1）のカラーミーショップは、現時点では最もよい選択なのではないかと考えております。